1945年5月16日，党的七大主席团常务会议决定，陕甘宁晋绥联防军警备第一旅和第一二〇师第三五九旅第二梯队从延安南下，经湘鄂赣待机去湘粤桂边（小北江一带五岭山脉中），开辟新的根据地，作为东江纵队的退路。警一旅行军时用八路军第三游击支队的名义，支队司令员文年生，政委雷经天；第三五九旅第二梯队行军时用八路军第二游击支队的名义，司令员刘转连，支队代理政委张启龙。两部5月底集中，6月初出发。

　　1945年6月7日，毛泽东在准备南下的警备第一旅和第三五九旅第二梯队营以上干部会上发表讲话，指出，这次有两个旅，还有很多干部，要到前方去，这是关乎中华解放的问题。毛泽东在回顾了中国共产党和中国革命由小到大的发展过程后说，我今天代表全党向你们赠送的礼物就是“由小到大，一定胜利”。你们这次出去，能不能胜利，决定于军民关系、军政关系、官兵关系的好坏和政策的正确与否。你们要同人民团结得像一家人，有了正确的政策就到处无敌。

　　1945年6月12日，中共七大主席团常务会议在延安枣园召开。会议主要讨论南下部队的任务、战略方针等。会议决定，南下部队的任务，除了南下与王震率领的南下第一支队会合并开展工作外，还担负着护送中共中央派往广东、广西地区工作的第九干部队和派往中原地区工作的第五干部队的任务。为了加强领导，统一指挥行动，南下第二、三支队成立了以文年生为指挥、刘转连为副指挥，张启龙为政委、晏福生为副政委的南下临时指挥部。

　　1945年6月18日，南下第二支队与第三支队从延安出发，东渡黄河进入太岳根据地，而后由晋南进抵豫北，经陕县再过黄河南下。当部队到达河南省新安县时，日寇宣布投降。这时，南下第二、三支队根据中共中央指示，停止南下，迅速北返八路军前方总部所在地河南林县。随后奉命从第二支队和第九、第五干部队抽调200多人，由张启龙、陶铸等率领开赴东北。原南下第二支队主力在刘转连、晏福生率领下不久也进入东北。

　　三五九旅第二梯队从延安南下后，该旅仍有一个团留在延安。

　　同年10月，中共中央和中央军委决定，驻南泥湾的军委炮兵学校和三五九旅留在延安的一个团、由延安抽调的大批党政民学干部，开赴东北地区，参加建立东北根据地的斗争。至此，三五九旅最后结束了在南泥湾地区的屯垦运动。

　　三五九旅南泥湾屯田，不仅是人民军队军史上光辉的篇章，在中国共产党延安地方历史上，也极为重要。延安的各级党委、政府与三五九旅紧密配合，密切协作，为保卫陕甘宁边区和边区的经济建设事业，作出了重要的贡献。